システム、ワークフロー、強力なシーケンシングアプリケーション  10xGenomics会社は最新のChromium™システムユニークなDNAシーケンスマーカーのGEMs，Chromium™システムは重要なゲノム情報を開示することができる。

1、全機能機器10xChromiumControllerスケーラブルなトレイとタッチスクリーンインタフェースを備え、占有スペースが最小限で、超過しない1平方フィートでありながら、効率的な10万着100万回の移液工程を自動化し、先進的なマイクロフロー制御システムを採用し、高フラックスのサンプルを分離し、シーケンスラベルを付け、最終的に高フラックス検査の目的を達成した。10xChromiumControllerゲノムの解析を行うことができ、同時に単細胞レベルの機能解析を行うことができる。

2、単細胞計器10xChromiumSingleCellControllerスケーラブルなトレイとタッチスクリーンインタフェースを備え、占有スペースが最小限で、超過しない1平方フィートでありながら、効率的な10万着100万回の移液工程を自動化し、先進的なマイクロフロー制御システムを採用し、高フラックスのサンプルを分離し、シーケンスラベルを付け、高フラックス検査の目的を達成した。10xChromiumSingleCellController単細胞レベルの機能解析しかできない。

組立パラメータの向上：この技術を組み合わせた組立効果は単独で使用するIlluminaデータは最大十数倍に向上することができます。

シーケンシングプラットフォームの汎用性：この技術を用いて構築されたライブラリーは、Illuminaシーケンシングシステムの完全なマッチング、

分子フラグメント長：解析は短くすることができるReads成長を組み立てる50-100Kbのlinked-reads；

単倍体解析：染色体レベルを実現可能Phasingを選択して、正確な単体型情報を取得します。

1. サンプルの割り当て先100,000sまで1000,000s各マイクロ反応系は特定のDNAシーケンスタグ。
2.含むbarcode情報のゲルビーズはまず試料と酵素の混合物と混合し、次にマイクロ流体に位置する“ダブルクロス”接続中の油界面活性剤溶液を結合する。
3.GEMs (試料、酵素、ゲルビーズを含む混合物油滴）をリザーバに流し、収集した。ゲルビーズ溶解放出barcodeシーケンス、サンプルのタグ付けを開始します。各液滴に含まれるbarcode情報の生成物混合。次に、標準シーケンシングライブラリーを構築します。

1.ゲノム構築：利用するGemCodeプラットフォームによるロングセグメントシーケンスの増幅導入barcode配列及び配列決定リンカープライマー、そして配列を配列決定に適した大きさの断片に切断して配列決定を行い、barcodeシーケンス情報は複数Reads組み立てを行い、スパンを得る30-100Kbのlinked-reads情報を得て、大きな断片の遺伝情報を得る。

利点：
この技術によって構築されたライブラリーは、Illuminaシーケンシングシステムは完全に一致し、短いReads成長を組み立てる100Kbの断片、
この技術を組み合わせた組立効果は単独で使用するIlluminaデータは最大十数倍に向上することができます。
精度が高く、コストが低く、操作の難易度が低い。

2.単細胞トランスクリプトームシーケンシング：に基づく10x Genomics最新Chromium™システムは油中水のマイクロ反応システムを利用し、配列ラベルを通じて集団中の異なる細胞を区別し、単細胞レベルのデジタル遺伝子発現スペクトルを獲得し、数千または数万個の単細胞集団分析を実現し、通常のscRNA-seq方法はフラックスあるいは拡張性の面で存在する不足で、単細胞研究のために新しい構想を開拓する。

利点：
超高スループット：単一サンプル細胞の検出数は最大1000-10000；
プロジェクト期間が短い：細胞懸濁液からcDNAライブラリー構築のためのすべてのシーケンシング準備作業、
細胞捕捉効率が高い：単一細胞捕捉効率が最大65%、希少細胞の種類を正確に鑑別することができる、
真の単細胞配列決定：油滴による-barcode-単細胞の対応関係、本当の意味での単細胞配列決定を実現する、
シーケンシングプラットフォームの互換性が広い：とIllumina各種モデルのプラットフォームは高互換性があります。

gDNA
クリップ要件：マスターバンド＞50kb 50 kb ~ 100 kb挿入フラグメント Illumina PE150
シーケンス深さ≥100X

適用＃テキヨウ＃10 x Genomics補助ゲノム構築効果評価

現在ヒトゲノムde novoシーケンシングと組立の成功例はIllumina短断片シーケンシング、PacBio単分子リアルタイムシーケンシング技術、BioNano光学スペクトル技術を結合することであるが、この方法ではPacBioのシーケンシングコストが相対的に高い。
本研究はゲノムを提供するde novoシーケンシングとアセンブリの新しい方法。この方法では、10 x Genomicsのlinked-readsを使用して中長期フラグメントのデータを取得し、次にIlluminaシーケンシングを使用して、BioNanoと結合してゲノムマップを構築し、contigsに対してanchoringとscaffoldingを行い、最終的に組み立てられたゲノムScaffold N 50は33.5 Mbに達した。そして、ヒトHapMapサンプル（NA 12878）のゲノムde novo組立によりこの方法の実行可能性を検証した。
使用10 x Genomics+Illumina+BioNanoの方法によるゲノム組み立ての結果、scaffold N 50の長さと組み立てられたゲノムの長さはいずれも著しく向上したが、scaffoldの数は著しく減少した。

Yulia Mostovoy, Michal Levy-Sakin, et al., A hybrid approach for de novo human genome sequence assembly and phasing. Nature Methods. 2016 May 9. doi: 10.1038/NMETH.3865.